Nella sala dedicata alla pittura della Controriforma sono esposte opere comprese tra il XVI e XVII secolo che originariamente erano esposte nella Cattedrale e nella sua Cripta.

Nella parete di fondo di questa sala è ricostruita la Pala dipinta da Carlo Allegretti, composta da tre tele raffiguranti l’Adorazione dei Magi, Isaia e Re David.
In questa sala si può vedere anche la statua lignea policroma di Sant’Emidio e un tabernacolo in legno dorato e dipinto nel 1567.